iCloudを利用してFlowcusのデータを同期していれば、iPhoneとiPadでデータの同期が行われます。
初回の同期には時間がかかる場合があります。同期が完了するまで、両方のデバイスでFlowcusを開いたままにしておくことをお勧めします。設定画面の「一般」→「自動ロックを無効にする」をオンにすることで、同期が完了するまでデバイスがスリープ状態にならないようにできます。